Ce site Natura 2000 a été désigné pour les chauves-souris. Depuis sa découverte en 1997, 11 espèces différentes ont été identifiées dans ce site surtout en période de reproduction et d'estivage avec un effectif moyen proche de 150 individus. Les contrôles et recherches de nouveaux gîtes réalisées en 2010 ont permis de doubler l'effectif de chauves-souris tout en recensant de nouveaux gîtes de reproduction (2 d'intérêt notable) sans toutefois étendre notablement un cortège d'espèces déjà intéressant.
Le Petit Rhinolophe est l'espèce principale qui a permis la désignation du site (137 individus recensés au maximum soit 90% des effectifs toutes espèces confondues) grâce à l'existence d'une méta population dispersée sur au moins quatre bâtiments, répartis pour moitié sur chaque versant de la Cère. Alors qu'à la fin du siècle dernier, l'essentiel des femelles logeait depuis très longtemps à Malbec et à Anterrieux, durant la décennie 2000, deux autres colonies se sont formées probablement à partir des noyaux précédents, en rapport possible avec les aménagements routiers sur la RN122 qui pourraient avoir fractionné les territoires vitaux. Ces effectifs en font toutefois le premier site dispersé de reproduction départemental pour l'espèce (à quasi égalité avec le site des Grivaldes).
Le gîte de Malbec cumule à lui seul 4 espèces de chiroptères de l'Annexe II de la Directive Habitats (Grand et Petit Rhinolophes, Murin à oreilles échancrées, Barbastelle) toutes sauf le Murin ont donnée des preuves de reproduction.
Cette forte présence témoigne de l'existence d'un territoire de chasse aux alentours des gîtes conforme aux exigences d'espèces qui dépendent étroitement du réseau bocager pour leurs déplacements et la chasse. Le reste du cortège, d'affinité plus forestière (Murin à moustaches, Oreillard gris, Murin de Natterer, Grand murin, Barbastelle) atteste également d'une densité et d'un état de conservation des peuplements arborés positif pour l'ensemble de la guilde des chiroptères. L'influence des villages de Lagoute et de Niervèze se fait également sentir sur les espèces plus ubiquistes comme la Sérotine commune (colonie de parturition à Thiézac) les Pipistrelles commune et de Kuhl.