Le site (dans sa dimension initiale) est concerné par 4 habitats d'intérêt européen, représentant 22,3 % de la surface totale du périmètre initial (54,25 ha).
Il s'agit pour l'essentiel d'habitats prairiaux notamment de prairies de fauches (6510 - prairies à fourrage des plaines, 44,35 ha, 18,23 % du site), de reliquat de prairies humides très engorgées développant des mégaphorbiaies lors de suintements (6430 - mégaphorbiaies mésotrophes) et de quelques pelouses rases sur des chicots rocheux éparpillés dans le parcellaire agricole du versant de rive gauche (8230, Pelouse pionnières continentales subatlantiques, 1,33 ha). Seules les forêts alluviales à Aulnes et Frênes sont d'intérêt prioritaire (7,58 ha soit 3,12 % du site).
Prairies, landes et pelouses
Milieux boisés
Milieux aquatiques
| Habitats naturels et semi-naturels | Code européen Natura 2000 | Quantification (ha) | Pourcentage du site (quand ≥ à 1%) |
| Mégaphorbiaies hydrophiles des ourlets planitaires et des étages montagnard à alpin | 44.3 | 7,89 | 2,72 % |
| Pelouses maigres de fauche de basse altitude | 62 | 2,47 | 1,02 % |
| Roches siliceuses avec végétations pionnières de Sedo-Scleranthion ou du Sedo albi-veronicion dellenii | 81.1 | 12,62 | 5,19 % |
| Forêts alluviales à Aulnus glutinosa et Fraxinus excelsior | 83.31 | 2,32 | - |